Mediace probíhá v několika fázích, jež na sebe navazují. Na samém počátku mediátor seznámí účastníky s metodou mediace, s rolí mediátora, jeho chováním v průběhu mediace, informuje je o své nestranností a povinnosti mlčenlivosti, jakož i o výší odměny a nákladů za mediaci. V dalších fázích dostává každý z účastníků možnost vyjádřit svůj postoj, svoje potřeby a přání; mediátor shromažďuje informace a rozdílné postoje stran strukturuje tak, aby bylo možné zjistit, v čem skutečně spočívá problém mezi účastníky mediace.

Dle stávající platné právní úpravy, konkrétně dle ustanovení § 100 odst. 2 zákona č. 99/1963 Sb., občanského soudního řádu, v platném znění, „je-li to účelné a vhodné, může předseda senátu účastníkům řízení nařídit první setkání se zapsaným mediátorem (dále jen „mediátor“) v rozsahu 3 hodin a přerušit řízení, nejdéle však na dobu 3 měsíců. Pokud se účastníci bez zbytečného odkladu nedohodnou na osobě mediátora, vybere jej ze seznamu vedeného ministerstvem předseda senátu. Po uplynutí 3 měsíců soud v řízení pokračuje.

Výše odměny za první setkání se zapsaným mediátorem nařízené soudem je stanovena v § 15 vyhlášky Ministerstva spravedlnosti č. 277/2012 Sb., o zkouškách a odměně mediátora, dle kterého výše odměny za první setkání s mediátorem nařízené soudem činí 400,- Kč za každou započatou hodinu. Je-li zapsaný mediátor plátcem daně z přidané hodnoty podle jiného právního předpisu, náleží mu rovněž náhrada za daň z přidané hodnoty.